Академия ФК «Зенит» была создана в сентябре 2009 года на базе СДЮШОР «Смена».

Деятельность футбольной Академии направлена не только на то, чтобы воспитать футболистов для первой команды клуба, но и на предоставление одаренной молодежи Петербурга и Ленинградской области возможности вести здоровый образ жизни, получать всестороннее развитие и готовить себя к взрослой жизни. По мнению директора Академии Хенка ван Стее, не каждый занимающийся в Академии сможет стать топ-футболистом, и поэтому мы стремимся дать каждому молодому человеку возможность встать на ноги и чувствовать себя уверенно в современном мире.

В Академии обучаются юные футболисты в возрасте от 7 лет до 21 года. В каждой возрастной группе занимаются 18–20 футболистов. В структуру Академии входят 13 команд — от «Зенита» U-7 до молодежного состава клуба.

Футбольная часть Академии включает в себя отдел селекции, который осуществляет поиск молодых футболистов в Петербурге, Ленинградской области и по всей стране. В Академии есть координатор школьного образования и воспитатели. Первый следит за успеваемостью в школе и регулярно информирует директора Академии о результатах обучения. Помимо этого, координатор является связующим звеном между школьными учителями, тренерами и родителями. Воспитатели же помогают ребятам в быту, так как для многих из них переезд в новый город может быть первым случаем в жизни, когда им приходится покидать дом на столь продолжительный период времени.

Со школой у Академии есть договоренность о сотрудничестве, и это помогает организовать эффективный ежедневный график для ребят. Школа выделяет учителей для дополнительных занятий с футболистами, которые пропустили уроки из-за вызовов в национальные сборные или просто нуждаются в дополнительном внимании. Мы считаем, что если родители передают нам своих детей, то мы должны сделать все, чтобы воспитать из них не только высококлассных футболистов, но и образованных и культурных личностей, людей дисциплинированных и ответственных. Родители должны быть уверены, что отдают своих детей в надежные руки.

ФК «Зенит» полностью осознает, какую важную социальную роль может играть в жизни города и всего региона, и в связи с этим Академия ФК «Зенит» продолжает открывать филиалы как в самом городе и в Ленинградской области, так и в других регионах России. Сейчас у Академии 14 филиалов, один из которых находится в Башкортостане.